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Débunk : Wuhan Covid-19 synthetic origins and evolution (Jean-Claude Perez)

    Bonjour à tous. Le but de ce billet est de faire une revue rapide de l'article de Jean-Claude Perez sur lequel se base principalement le professeur Montagnier pour affirmer que le SARS-CoV-2 a été créé en laboratoire à partir du virus du VIH. Je ne compte pas démontrer que les conclusions de monsieur Perez sont fausses, mais plutôt souligner quelques points qui n'inspirent pas confiance et qui devraient inciter ses défenseurs à faire preuve de prudence.

    D'autres études plus précises et se concentrant sur le fond de l'article ont déjà été réalisées ; quelques sources intéressantes permettant de poursuivre la discussion se trouvent donc à la fin de ce billet.
Logo du journal dans lequel l'étude a été publiée, l'International Journal of Research - Granthaalyah

   
Tout d'abord, voici un lien vers l'étude : Wuhan Covid-19 synthetic origins and evolution

I/L'abstract

A. Le vocabulaire

    Commençons par nous pencher sur le "résumé" de l'article qui se trouve au début de la première page : l'abstract. Observons le premier paragraphe :
The main result of this updated release is the formal proof that 2019-nCoV coronavirus is partially a  SYNTHETIC  genome.  We  proof  the  CONCENTRATION  in  a  small  région  of  wuhan  New genome  (300bp)  of  3  different régions  from  HIV1  ENVELOPPE  gene  and  3  others  from  HIV2 and SIV (ENV and POL RT). All this is remarkable and bears the mark of a desire for organization of a human nature: LOGIC, SYMETRIES.
Plusieurs mots ou expressions sont des termes très inhabituels dans le vocabulaire scientifique, et méritent que nous nous penchions dessus de plus près.
    - the formal proof : Jean-Claude Perez prétend avoir apporté la preuve formelle de son affirmation, ce qui est un risque énorme. En effet, on peut prouver que le SARS-CoV-2 a des ressemblances avec le VIH, on peut soupçonner, voire soupçonner fortement une intervention humaine, mais il serait a priori très compliqué de prouver une intervention humaine : à partir du moment où le virus est viable, il peut tout à fait avoir été créé par les hasards des mutations naturelles, et ce, quel que soit le nombre de similitudes avoir le VIH.
    - les MAJUSCULES : C'est un procédé très étrange, qui à titre très personnel ne m'inspire absolument pas confiance. Il me semble que les résultats et éléments importants devraient être mis en valeur grâce à la prose de l'auteur, et que cette manière brutale de le faire est un manque de professionnalisme, mais il ne s'agit que d'un ressenti subjectif.
- the mark of a desire for organization of a human nature : Jean-Claude Perez fait ici un appel à une cause, c'est-à-dire qu'il projette les résultats qu'il a obtenus (logic, symetries) sur le concept de la nature humaine, sans que cela soit vérifiable. En effet, je pourrais tout aussi bien vous dire que le chaos et l'impulsivité sont dans la nature humaine ; cette phrase ne constitue donc pas un argumentaire correct.

B. Les termes mathématiques impromptus

    Le reste de l'abstract expose de manière succincte les observations et conclusions développées dans l'article, avec tout de fois un passage qui attire l'attention :
This  global  strategy,  this  temporal  link,  is  materialized  in  our  demonstration  by  highlighting stationary numerical waves controlling the entire sequence of their genomes. Curiously, these digital waves characterizing the 9 SARS genomes studied here are characteristic whole  numbers:  the  "Fibonacci  numbers",  omnipresent  in  the  forms  of  Nature,  and  which  our research for several decades has shown strong links with the proportions of nucleotides in DNA. Here  we  demonstrate  that  the  complexity  and  fractal  multiplicity  of  these  Fibonacci  numerical waves increases over the years of the emergence of new SARS strains.
 Ici aussi, certaines expressions sont peu habituelles dans des articles de virologie, notamment dans le contexte dans lesquelles elles sont utilisées. Rappelons que Jean-Claude Perez est mathématicien de formation ; il utilise donc un grand nombre de termes mathématiques. Toutefois il ne les inscrit dans aucun contexte.
    - numerical/digital waves : Ces termes n'ont pas pas de définition en mathématiques, et ne sont pas non plus définis dans le reste de l'étude. Ils font peut-être référence à une périodicité du génome, mais dans ce cas il faudrait préciser en quel sens (car le génome n'est pas à proprement parler périodique, c'est-à-dire qu'il ne se répète pas à l'identique au bout d'un certain nombre de nucléotides).
    - controlling : Là encore, le concept de "contrôler" est vague et non défini. 
    - Fibonacci numbers : La suite de Fibonacci (1 1 2 3 5 8 13 21....) est une suite de nombres commençant par deux "1", puis pour laquelle chaque nombre est obtenu en additionnant les deux nombres précédents (1+1=2, 1+2=3, 2+3=5...). On sait en effet que cette suite de nombres se retrouve dans des domaines variés de la nature, toutefois le lien entre ces nombres et la "proportion de nucléotides dans l'ADN" ne sont pas explicités, et pourraient vouloir dire énormément de choses différentes.
    - complexity and fractal multiplicity : Enfin, ces termes ne sont pas non plus expliqués, bien qu'ils ne possèdent pas de définition mathématique propre. Ils sont de plus appliqués aux "vagues numériques de Fibonacci", ce qui mériterait encore une définition. Je précise qu'à ce stade, je ne fais pas preuve de mauvaise volonté pour comprendre la signification de ces termes : ils n'ont simplement pas d'équivalent en mathématiques, et leur sens aurait absolument dû être précisé par une définition (même rapide). En l'état actuel, ils pourraient signifier tout et son contraire.

II/ Les graphiques

    Après avoir passé l'abstract, qui paraît bien brumeux, nous arrivons au cœur de l'article. Très vite, un grand nombre de graphiques nous sont présentés. La première fois que je l'ai lu, j'ai espéré que cela permettrait d'illustrer les différentes notions présentées dans le résumé... Mais j'ai rapidement compris que cela ne serait pas d'une grande aide.
   Voici une petite sélection de graphiques. Je précise que je les ai choisis quasiment au hasard (essayant simplement d'alterner leur forme, afin d'avoir un échantillon diversifié) : les remarques que je ferai à leur propos pourraient s'appliquer à la grande majorité, sinon l'intégralité, des figures de l'article.


Figure 2
Figure 5
Figure 9
    Le plus gros soucis avec ces graphiques est l'absence de légende des axes ; les titres donnent une indication assez vague de ce qui est représenté, et le contexte ne précise pas non plus la nature exacte des informations. De plus, les notions de vague et de résonance sont toujours utilisées sans être définies. En un mot, ces graphiques sont inexploitables en l'état. 

III/ Conclusion

A. La conclusion de Jean-Claude Perez

    Intéressons-nous maintenant à la conclusion que tire Jean-Claude Perez à la fin de son article. Sa conclusion est divisée en différentes parties, mais nous nous concentrerons ici sur la section concernant l'origine du SARS-CoV-2 :
Evidence of A Kind of "Intelligent Will" ... Please, now, see figures 49 then 50. Both figures proves evidence that the 6 HIV/SIV inserts are not the result of natural evolution and mutations. Particularly, •Firstly, the 6 inserts are highly contiguous: 169bp within 275bp regions. •Secondly, HIV/SIV inserted strains are very homogeneous: Russia, Cote   d'ivoire, Netherlands, Malawiorigins. •Thirdly, the functions of inserts are also various: 2 from POL/RT, 4 from ENVELOPPE functional genes. Not reported in this article, wz found also within the COVID-19 genome 3 others HIV/SIV regions:one from ENVELOPPE, one from RT, and one from INTEGRASE.
    On peut toujours remarquer un style plus proche de la rhétorique que de l'approche scientifique, avec les points de suspension et les mots en majuscules. Un autre point de détail est que les figures 49 et 50 ne sont pas numérotées dans l'article, ce qui, ajouté à la faute d'orthographe "wz" montre une nonchalance étonnante pour un article qui déclare prouver quelque chose qu'il est le premier à affirmer, à savoir la création humaine du virus du SARS-CoV-2.
    Intéressons-nous à la suite de la conclusion :
POL/RT,  INTEGRASE,  and  ENVELOPPE:  we  have  here  3 majorsfunctional piecesof genes necessary to build a retrovirus... In other hand, 1  /  SYMMETRY:  strategy  of  realism  (numbers  of  inserts  by  increasing  frequencies  and pathogenicity):1 SIV - 2 HIV2 - 3 HIV1. 2 / SYMMETRY: economy strategy (sense and antisense in an insert of minimum length): Hiv2a. <--- / Hiv1a. ---> / Hiv2b ---> / Hiv1b <--- / HIV1c <--- / Siva --->. 3 / SYMETRY: Symmetry Pol / ENV The 6 inserts are positioned in this order in Covid-19 : RT(POL) ENV ENV ENV ENV POL
    Le premier argument (la stratégie de réalisme) semble tout à fait subjectif : se baser sur trois données pour en tirer la conclusion qu'il s'agit d'une stratégie paraît hasardeux. Pour le deuxième argument (la stratégie de l'économie), c'est la même chose : ce qui pourrait être une coïncidence est ici extrapolé en stratégie. Dire que ces données sont représentatives d'une stratégie aurait dû impliquer une comparaison du même genre avec d'autres virus, pour voir si c'est un schéma qui se retrouve parfois naturellement, ou bien une étude statistique. Pour le dernier (la symétrie), c'est la même chose. De plus, les inserts étudiés par l'article ne concernent que le VIH (dans ses différentes versions). Or on aurait peut-être pu trouver d'autres similarités si d'autres virus avaient été étudiés.

    La phrase de conclusion reste dans le même registre :
All this is remarkable and bears the mark of a desire for organization of a human nature: LOGIC, SYMETRIES!!!!
    Inutile de souligner encore une fois le peu de crédit scientifique que suscite le fait d'utiliser quatre points d'exclamation pour souligner la thèse principale de son article. 

B. Ma conclusion

    Les éléments que j'ai cités ci-dessus ne sont en aucun cas des preuves que ce qu'avance Jean-Claude Perez est faux : ce sont des marqueurs d'une méthode scientifique douteuse et de pirouettes rhétoriques. Cela est d'autant plus dommageable que l'article ne contient pas de paragraphe "Discussion", pourtant présent dans la plupart des études, afin de discuter du cadre de ses résultats et des réserves à avoir les concernant.

    Cependant, d'autres analyses de l'article en question, que ce soit par la communauté scientifique ou des vulgarisateurs, permettent d'affirmer avec quasi-certitude que les résultats développés dans l'étude sont faux, et qu'il n'y a pas de signification profonde à comprendre derrière les termes de "vague numérique" et de "multiplicité fractale". Les liens sont ci-dessous.

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